Outros japoneses estiveram de passagem pelo País incidentalmente, mas a primeira visita oficial para se buscar um acordo diplomático e comercial ocorreu em 1880. No dia 16 de novembro desse ano, o vice-almirante Artur Silveira da Mota, mais tarde Barão de Jaceguai, iniciou, em Tóquio, as conversações para o estabelecimento de um Tratado de Amizade, Comércio e Navegação entre os dois países. O esforço nesse sentido prosseguiu em 1882, com o ministro prenipotenciário Eduardo Calado, mas o acordo só seria concretizado 13 anos mais tarde: no dia 5 de novembro de 1895, em Paris, Brasil e Japão assinaram o Tratado da Amizade, Comércio e Navegação.

       Entre eventos que antecederam a assinatura do Tratado, destaca-se a abertura brasileira às imigrações japonesa e chinesa, autorizada pelo Decreto-Lei nº 97, de 5 de outubro de 1892. Com isso, em 1894 o Japão envia o deputado Tadashi Nemoto para uma visita, em cujo roteiro foram incluídos os Estados da Bahia, do Rio de Janeiro, Minas Gerais e São Paulo. Satisfeito com o que viu, Nemoto manda um relatório ao governo e às empresas de emigração japonesas, recomendando o Brasil como país apto a acolher os imigrantes orientais. A partida da primeira leva de japoneses que deveria vir trabalhar nas lavouras de café em 1897, teve, no entanto, de ser cancelada justamente na véspera do embarque. O motivo foi a crise que o preço do produto sofreu em todo o mundo, e que iria perdurar até 1906. Em 1907, o governo brasileiro publica a Lei da Imigração e Colonização, permitindo que cada Estado defina a forma mais conveniente de receber e instalar os imigrantes. E, em novembro desse mesmo ano, Ryu Mizuno, considerado o pai da imigração, fecha acordo com o secretário da Agricultura de São Paulo, Carlos Arruda Botelho, para a introdução de 3 mil imigrantes japoneses num período de três anos. Nessa época, o governador era Jorge Tibiriçá. Assim, no dia 28 de abril de 1908, o navio KASATO MARU deixa o Japão com os primeiros imigrantes, rumo ao Brasil.

       Com a aumento do número de colônias agrícolas japonesas, que nesse período se expande principalmente em direção ao noroeste do Estado de São Paulo, começa a surgir também muitas escolas primárias destinadas a atender os filhos dos imigrantes. E em 1918 formam-se as duas primeiras professoras oficiais saídas da comunidade, as irmãs Kumabe, pela Escola Normal do Rio de Janeiro. Em 1923, Escola de Odontologia de Pindamonhangaba formaria o primeiro dentista de origem japonesa. Essa presença crescente de um povo exótico no País porém não pára de gerar polêmicas. Tanto na esfera executiva como legislativa surgem opiniões a favor e contra a entrada de novos imigrantes japoneses. Em 1932, segundo informações do Consulado Geral do Japão em São Paulo na época, a comunidade nikkey era composta por 132.689 pessoas, com maior concentração na linha Noroeste. Desse total, 90% dedicava-se à agricultura. Já havia, também diversas publicações em japonês com periodicidade semanal, quinzenal e mensal. Em 1938, ano que antecede o do início da Segunda Guerra Mundial, o Governo Federal começa a limitar as atividades culturais e educacionais dos imigrantes. Em dezembro, decreta o fechamento de todas as escolas estrangeiras, principalmente de japonês alemão e italiano. As comunidades oriundas dos países integrantes do Eixo RO-BER-TO (Roma-Berlim-Tóquio) começa a sentir os sintomas do conflito iminente. Em 1940, todas as publicações em japonês têm a sua circulação proibida. No ano seguinte, chegam as últimas correspondências do Japão. Até o fim da guerra, os japoneses viveriam um período de severas restrições, inclusive com o confisco de todos os bens.

       Em 1948, Yukishige Tamura é eleito vereador em São Paulo, tornando-se, assim, o primeiro nikkey a ocupar um cargo eletivo em uma capital. Já em clima de paz, é restabelecido, em 1949, o comércio entre Brasil e Japão por meio de um acordo bilateral. Um ano depois, o Governo Federal anuncia a liberação dos bens confiscados aos imigrantes dos país do Eixo, e, em 1951 aprova projeto para introdução no País de 5 mil famílias imigrantes. Encorajadas, as empresas japonesas começa a planejar investimentos no Brasil. As primeiras delas chegam em 1953. Cinqüenta anos após a chegada do navio KASATO MARU a Santos, o número de japoneses e descendentes no País somavam 404.630 pessoas. O príncipe Mikasa, irmão do imperador Hiroito, visita o País para participar das festividades do cinqüentenário da imigração. Nas eleições majoritárias de 1962 já se pode observar a plena integração social e política dos brasileiros descendentes de japoneses, quando seis nisseis são escolhidos por meio das urnas: três para a Câmara Federal (Miyamoto, do Paraná; Hirata e Tamura de São Paulo) e três para a Assembléia Legislativa de São Paulo (Yoshifumi Uchiyama, Antonio Morimoto e Diogo Nomura). Em 1967, o príncipe herdeiro Akihito e a princesa Michiko visitam o Brasil pela primeira vez. Na recepção ao casal imperial, a comunidade nipo-brasileira lota o estádio do Pacaembu. Em 1973, chega a Santos o Nippon Maru, o último navio a transportar imigrantes japoneses. Em 1978 a imigração japonesa comemora 70 anos. O príncipe herdeiro Akihito e a princesa Michiko participam das festividades e novamente lotam o Pacaembu. No prédio da Sociedade Brasileira de Cultura Japonesa, inaugura o Museu da Imigração Japonesa no Brasil.

       Os anos 60 marcam, em muitos aspectos, a plena integração dos nikkeis, à sociedade brasileira. Além da participação ativa na vida política por meio de seus representantes nas casas legislativas, eles começam a despontar nas áreas culturais, notadamente na grande imprensa - onde o pioneiro foi Hideo Onaga, na Folha de S. Paulo - e nas artes plásticas, com destaque para Manabu Mabe. Também nesse período, durante o governo Costa e Silva, é nomeado o primeiro ministro descendente de japoneses, o empresário Fábio Yassuda, que assumiu a Pasta da Agricultura, sem, no entanto, cumprir integralmente sua gestão. No futuro, dois outros seriam chamados a assumir cargos equivalentes: Shigeaki Ueki, como ministro de Minas e Energia do governo Geisel, e Seigo Tsuzuki, como ministro da Saúde do governo Sarney. A inauguração da sede da Sociedade Brasileira de Cultura Japonesa na rua São Joaquim, em 1964, foi outro marco importante. O Bunkyo passou a promover e/ou coordenar a maioria dos grandes eventos que envolvessem a comunidade nipo-brasileira como um todo: aniversários da imigração, visitas ao Brasil de membros da Família Imperial, etc. A partir da década de 70 começa a surgir as primeiras obras literárias escritas por nikkeis, tendo como temas o Japão e os imigrantes, entre eles: Japão Passado e Presente, de José Yamashiro (1978), História dos Samurais, também de Yamashiro (1982), e a obra considerada como referência obrigatória dentro da história da imigração, que é O Imigrante Japonês de Tomoo Handa, lançado em 1987. Em 1988, no 80º aniversário da imigração, comemorada com a presença do príncipe Aya, filho de Akihito, o Censo Demográfico da Comunidade, feito por amostragem, estimava o número nikkeis no País em 1.228.000 pessoas. Nesse final de década, a comunidade nipo-brasileira, e o próprio País já começam a sentir os efeitos de um novo e curioso fenômeno que se alastrava rapidamente entre as famílias nikkeis: os dekasseguis.

       A ida de milhares de japoneses e descendentes, do Brasil para o Japão seguindo o caminho inverso dos imigrantes do KASATO MARU, mas com objetivos semelhantes, começam há cerca de 12 anos e atingiu o auge no início desta década, marcando-a como um dos eventos mais importantes da história da imigração japonesa nesse período. Para analisá­la, a Sociedade Brasileira de Cultura Japonesa realizou, em 1991, o "Simposio sobre o fenômeno dekassegui". E no ano seguinte é criado o CIATE - "Centro de Informação e Assistência aos Trabalhadores no Estrangeiro" - com a colaboração do Ministério do Trabalho do Japão. Esse serviço tem sua sede no prédio da Sociedade Brasileira de Cultura Japonesa. Por essa época, surge também a primeira obra literária de ficção escrita por uma nikkey, tendo como personagens descendentes de japoneses, e abordando também o fenômeno dekassegui: Sonhos Bloqueados, lançado em 1992 pela professora Laura Hasegawa. Outro importante acontecimento desta década foram as comemorações, em 1995, do centenário do Tratado de Amizade, Comércio e Navegação entre Brasil e Japão. A princesa Norinomiya, filha de Akihito, já então imperador do Japão, veio prestigiar as festividades. Em 1997 o próprio casal imperial faz uma visita de dez dias ao Brasil, provocando grande emoção na Comunidade. Em 1998 a Comunidade nikkei de todo o País comemorou com festa os 90 anos da imigração. Nessa festa, a única sobrevivente da primeira leva de imigrantes, sra. Nakagawa, estava presente.